生物学 最新排序

• 白嫖云端算力：如何用免费 Google Colab 运行 GPU 加速的 GROMACS 分子动力学模拟

  对于从事计算生物学或计算化学的研究生和科研人员来说，本地缺乏高性能 GPU 算力是一个长期存在的痛点。Google Colab 提供的免费 T4 GPU 是一个极佳的“白嫖”资源。 本文将手把手带你配置 Google Colab 环境...

  360 2026/6/12 GROMACS分子动力学模拟

• 单点突变后在无显卡云服务器运行GROMACS动力学平衡的实操指南

  在做完单点突变后（无论你是用 PyMOL、FoldX 还是 Rosetta 得到的突变体 PDB 文件），如果手头没有 GPU 显卡，利用廉价的纯 CPU 云服务器（如 8 核或 16 核的按量付费实例）跑完前期的 能量最小化（EM） 、...

  274 2026/6/12 GROMACS分子动力学云服务器

• 白嫖 Meta 算力：无显卡如何在 Colab 快速部署 ESMFold 并搞定单点突变分析

  做结构生物学和计算生物学的同学，或多或少都经历过被显卡支配的恐惧。想跑个 AlphaFold2，光是配环境和下载那几个 TB 的数据库就能让人崩溃，更别提本地那块瑟瑟发抖的 RTX 3060 显卡了。 其实，如果你只是想针对某个靶点蛋...

  336 2026/6/12 ESMFold单点突变

• AlphaFold 3 开源了却动不了？无 GPU 预算的生信避坑与替代工作流指南

  不少做结构生物学和药物研发的同学最近都在关注 AlphaFold 3 (AF3) 的开源进展。 好消息是，DeepMind 在 2024 年 11 月终于迫于学术界压力，正式开源了 AlphaFold 3 的源代码和模型权重（仅限...

  331 2026/6/12 AlphaFold3蛋白质结构预测生物信息学

• 白嫖 Colab：如何无显卡（纯CPU）免费预测超长单链蛋白质结构？

  在结构生物学界，预测超长单链蛋白（比如 >1000 个氨基酸）一直是个“吞金兽”级别的任务。 很多人习惯用 ColabFold (AlphaFold2)。但如果你试过在 Colab 的免费 T4 GPU 上跑 1200aa 以上...

  323 2026/6/11 生物信息学蛋白质结构预测

• 显存不够怎么跑 RoseTTAFold2？超大蛋白质复合物轻量化预测实战

  生命科学领域的研究者，大概都经历过被 CUDA out of memory （显存溢出）支配的恐惧。 随着结构生物学进入“大复合物时代”，预测 2000aa（氨基酸残基）以上的超大蛋白质复合物已成常态。然而，RoseTTAFold2...

  285 2026/6/11 显存优化蛋白质结构预测

• 科研平替：ColabFold 蛋白质复合物预测进阶微调指南

  在结构生物学领域，AlphaFold-Multimer 的出现极大地方便了蛋白质复合物的研究。然而，本地部署 AlphaFold-Multimer 对显存和硬盘（尤其是几 TB 的数据库）的要求让许多课题组望而却步。 作为高性价比的“...

  283 2026/6/10 ColabFoldAlphaFold结构生物学

• 不用A100也能跑！如何利用免费 Google Colab 运行 AlphaFold 3 社区修改版？

  随着 Google DeepMind 正式开源 AlphaFold 3 (AF3) 的代码和模型权重，结构生物学界迎来了一波狂欢。但狂欢之余，残酷的硬件现实摆在面前：官方版的 AF3 运行需要下载近 2TB 的基因数据库，且本地运行极度依...

  298 2026/6/10 蛋白质结构预测

• 如何本地免商业授权费部署 AlphaFold 3？（附抗体-抗原复合物预测实操指南）

  Google DeepMind 在 2024 年 11 月正式开源了 AlphaFold 3 (AF3) 的源代码及模型权重（针对学术与非商业用途）。这意味着研究人员终于可以摆脱 Web 服务器每天的提交限制，在本地环境中运行这一顶尖...

  355 2026/6/10 抗体设计本地部署

• 如何用 AlphaFold-Multimer 落地抗原与海量天然抗体文库的盲筛对接管线

  在没有已知抗体作为阳性对照的情况下，直接使用 AlphaFold-Multimer (AFM) 对数万甚至数百万个天然抗体序列进行盲筛对接，在计算资源（GPU 算力）和时间成本上是极不现实的。标准 AFM 预测一个抗原-抗体复合物通常...

  266 2026/6/10 AlphaFold抗体虚拟筛选生物信息学

• ESM-Fold预测出抗原表位后如何设计高活性的多肽模拟物

  用 ESM-Fold 成功预测出抗原-抗体复合物的结合表位（Epitope）只是第一步。在实际的疫苗研发中，你无法直接把这一段天然序列切下来当成疫苗使用。 原因很简单： 游离的短肽在水溶液中会失去天然抗原的特定空间构象，变成无序的线团...

  197 2026/6/9 多肽疫苗设计ESM-Fold计算结构生物学

• 无三维结构时，如何仅凭氨基酸序列用 ESM-Fold 预测抗原结合表位？

  在抗体药物研发或免疫学研究中，获得抗原-抗体复合物的晶体结构通常耗时且成本高昂。随着单序列蛋白质结构预测工具（如 Meta 的 ESM-Fold）的出现，仅凭一级氨基酸序列预测抗原结合表位（Epitope）和抗体靶点（Paratope）已...

  381 2026/6/9 ESM-Fold表位预测结构生物学

• 如何在不牺牲抗体结合力的前提下，利用ProteinMPNN大幅提升热稳定性（Tm）？

  在抗体工程中， 热稳定性（Tm值）与亲和力（结合力）的协同优化 是一个经典的“既要又要”难题。 ProteinMPNN 作为目前最优秀的逆折叠（Inverse Folding）模型之一，其本质是根据主链几何结构生成匹配的氨基酸序列。它...

  341 2026/6/7 抗体设计热稳定性

• 批量用FoldX计算ProteinMPNN突变体结合自由能变化（ddG）的高效工作流

  在蛋白质计算设计中， ProteinMPNN 凭借其强大的序列生成能力，能够快速给出成百上千个潜在的突变序列。然而，ProteinMPNN 无法直接给出物理意义上的结合自由能变化（$ Delta Delta G_{ text{bind}...

  381 2026/6/7 FoldX结合自由能

• 显存不够也能玩转AI制药：本地低配环境搭建 RFdiffusion + ProteinMPNN 工作流指南

  作为蛋白质 de novo 设计领域的“黄金搭档”，RFdiffusion（负责骨架生成）和 ProteinMPNN（负责序列设计）几乎是目前计算生物学研究的标配。然而，官方文档中动辄要求 A100 或 24G 显存显卡的配置，让许多只有...

  389 2026/6/6 蛋白质设计

• AlphaFold 3 都能预测配体结合了，为什么 AI 制药公司还要砸钱做湿实验？

  在生物医药和 AI 交叉领域，AlphaFold 3（AF3）的发布无疑是一场地震。它不仅能预测蛋白质结构，还能预测蛋白质与小分子配体、DNA、RNA 的复合物结构。 这时候，很多行外人（甚至不少投资人）都会产生一个极其自然的疑问： ...

  289 2026/6/6 AI制药高通量筛选

• 那些曾经靠「解结构」坐拥 CNS 的实验室，在 AlphaFold 3 时代都转型去哪了？

  AlphaFold 3（AF3）的开源，尤其是它对蛋白质-核酸、蛋白质-小分子配体、修饰性化学基团复合物预测能力的跃升，确实给传统结构生物学界带来了一场海啸。 在几年前，冷冻电镜（Cryo-EM）刚普及的“黄金时代”，一个课题组只要能...

  269 2026/6/6 结构生物学冷冻电镜

• 那些贷款买 Titan Krios 的地方高校和中小 CRO，如今正面临怎样的隐秘危机？

  在生物医药和结构生物学界，赛默飞的 Titan Krios （300kV 冷冻透射电镜）一直被誉为“科研重器”与“吞金巨兽”。前几年，乘着结构生物学解析风口、地方政府产业规划红利，以及 2022 年底那一波“设备更新改造专项再贷款”的东...

  249 2026/6/5 冷冻电镜科研仪器生物医药CRO

• AlphaFold 3 本地开源，会砸了冷冻电镜（Cryo-EM）服务商的饭碗吗？

  AlphaFold 3（AF3）学术版的本地部署和开源，在结构生物学界和药物研发领域激起了不小的水花。对于那些手握数台 Titan Krios（冷冻透射电镜）、靠提供“制样-数据采集-结构解析”一条龙服务的传统 Cryo-EM 实验服务商...

  229 2026/6/5 冷冻电镜生物医药CRO

• AlphaFold 3 迟到的开源：学术界的全面狂欢，与工业界尴尬的“围城”

  从今年 5 月在《Nature》发表论文时仅提供限制重重的 Web 服务器，到 11 月正式释放完整源代码和模型权重，DeepMind 的这一百八十度大转弯，无疑是今年 AI for Science 领域最重磅的戏剧性事件。 对于这个...

  301 2026/6/5 DeepMind