ESM Fold
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如何用 ESM-2 进行抗体-抗原结合亲和力预测?从零样本表征到微调实操
在 AI 辅助抗体药物研发(AIDD)中,评估抗体与抗原之间的结合亲和力(Affinity)是核心环节。Meta 团队开源的 ESM-2 作为目前最强大的蛋白质语言模型之一,凭借其在海量无标注蛋白质序列上学习到的进化和物理化学规律,成...
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无三维结构时,如何仅凭氨基酸序列用 ESM-Fold 预测抗原结合表位?
在抗体药物研发或免疫学研究中,获得抗原-抗体复合物的晶体结构通常耗时且成本高昂。随着单序列蛋白质结构预测工具(如 Meta 的 ESM-Fold)的出现,仅凭一级氨基酸序列预测抗原结合表位(Epitope)和抗体靶点(Paratope)已...
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ESM-Fold预测出抗原表位后如何设计高活性的多肽模拟物
用 ESM-Fold 成功预测出抗原-抗体复合物的结合表位(Epitope)只是第一步。在实际的疫苗研发中,你无法直接把这一段天然序列切下来当成疫苗使用。 原因很简单: 游离的短肽在水溶液中会失去天然抗原的特定空间构象,变成无序的线团...
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无复合物结构?仅凭 ESM-Fold 预测的抗原单体如何进行反向疫苗设计
在结构免疫学和疫苗研发中,最理想的情况是拥有 抗原-中和抗体复合物 的共晶或冷冻电镜结构,这能直接指出关键的保护性表位(Protective Epitope)。 但在面对新兴病原体或难结晶的膜蛋白时,我们往往只有基因序列。利用 ESM...
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白嫖 Meta 算力:无显卡如何在 Colab 快速部署 ESMFold 并搞定单点突变分析
做结构生物学和计算生物学的同学,或多或少都经历过被显卡支配的恐惧。想跑个 AlphaFold2,光是配环境和下载那几个 TB 的数据库就能让人崩溃,更别提本地那块瑟瑟发抖的 RTX 3060 显卡了。 其实,如果你只是想针对某个靶点蛋...