结构生物学
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AlphaFold 3预测非规范核苷酸与金属离子配位时的底层算法缺陷
AlphaFold 3(AF3)从上一代的“基于残基局部坐标系(Frame-aligned)”转向了“全原子三维空间扩散模型(Diffusion Module)”。这一架构转变赋予了它处理任意化学实体(蛋白质、核酸、小分子配体、修饰基团及...
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AlphaFold 3 对比 RoseTTAFold All-Atom:过渡金属配位的算法机制与预测精度差异
在结构生物学中,过渡金属(如铁 $Fe$、铜 $Cu$、锌 $Zn$、锰 $Mn$ 等)的配位几何预测一直是一个极具挑战性的课题。这些过渡金属拥有未充满的 d 轨道,其配位键介于共价键和静电作用之间,表现出高度的构型方向性(如八面体、四面...
5 结构生物学 -
AlphaFold 3能否替代传统对接和物理计算?深剖小分子与金属配体预测表现
作为计算化学和药物研发领域近期的最大热点,AlphaFold 3(AF3)将预测范围从单纯的蛋白质拓展到了核酸、小分子配体、金属离子以及化学修饰。这一跨越在学术界和工业界都引起了巨大震动。 但在热闹的宣发背后,我们需要冷静地评估两个核...
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从“只给网页”到“开源代码”:AlphaFold 3 的妥协、社区自救与AI制药的权力重构
2024 年 5 月,DeepMind 在《Nature》上发表了 AlphaFold 3(AF3),宣称其不仅能预测蛋白质,还能预测 DNA、RNA 以及化学小分子配体的复合物结构。然而,伴随这项里程碑式成果而来的,不是欢呼,而是一场结...
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如何评价开源模型 Boltz-1 和 Chai-1?它们能否在药物研发中真正替代 AlphaFold 3?
在 AI 结构生物学领域,AlphaFold 3(AF3)的发布无疑是一座里程碑,它将预测范围从单纯的蛋白质拓展到了核酸、小分子配体和修饰。然而,对于制药工业界和广大科研人员来说,AF3 最初“犹抱琵琶半遮面”的闭源状态(早期仅提供有诸多...