FoldX
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批量用FoldX计算ProteinMPNN突变体结合自由能变化(ddG)的高效工作流
在蛋白质计算设计中, ProteinMPNN 凭借其强大的序列生成能力,能够快速给出成百上千个潜在的突变序列。然而,ProteinMPNN 无法直接给出物理意义上的结合自由能变化($ Delta Delta G_{ text{bind}...
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除了FoldX,如何用深度学习方法快速评估ProteinMPNN突变体的结合力?
在蛋白质从头设计(De Novo Protein Design)或亲和力成熟(Affinity Maturation)的工作流中, ProteinMPNN 已经成为序列设计的标配工具。然而,ProteinMPNN 产生的候选序列往往成百...
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如何在不牺牲抗体结合力的前提下,利用ProteinMPNN大幅提升热稳定性(Tm)?
在抗体工程中, 热稳定性(Tm值)与亲和力(结合力)的协同优化 是一个经典的“既要又要”难题。 ProteinMPNN 作为目前最优秀的逆折叠(Inverse Folding)模型之一,其本质是根据主链几何结构生成匹配的氨基酸序列。它...