GROMACS

• AlphaFold 3 迟到的开源：学术界的全面狂欢，与工业界尴尬的“围城”

  从今年 5 月在《Nature》发表论文时仅提供限制重重的 Web 服务器，到 11 月正式释放完整源代码和模型权重，DeepMind 的这一百八十度大转弯，无疑是今年 AI for Science 领域最重磅的戏剧性事件。 对于这个...

  59 2026/6/5 DeepMind

• ESM-Fold预测出抗原表位后如何设计高活性的多肽模拟物

  用 ESM-Fold 成功预测出抗原-抗体复合物的结合表位（Epitope）只是第一步。在实际的疫苗研发中，你无法直接把这一段天然序列切下来当成疫苗使用。 原因很简单： 游离的短肽在水溶液中会失去天然抗原的特定空间构象，变成无序的线团...

  27 2026/6/9 多肽疫苗设计ESM-Fold计算结构生物学

• 无复合物结构？仅凭 ESM-Fold 预测的抗原单体如何进行反向疫苗设计

  在结构免疫学和疫苗研发中，最理想的情况是拥有 抗原-中和抗体复合物 的共晶或冷冻电镜结构，这能直接指出关键的保护性表位（Protective Epitope）。 但在面对新兴病原体或难结晶的膜蛋白时，我们往往只有基因序列。利用 ESM...

  33 2026/6/9 反向疫苗设计ESM-Fold蛋白质结构预测

• 科研平替：ColabFold 蛋白质复合物预测进阶微调指南

  在结构生物学领域，AlphaFold-Multimer 的出现极大地方便了蛋白质复合物的研究。然而，本地部署 AlphaFold-Multimer 对显存和硬盘（尤其是几 TB 的数据库）的要求让许多课题组望而却步。 作为高性价比的“...

  29 2026/6/10 ColabFoldAlphaFold结构生物学

• 单点突变后在无显卡云服务器运行GROMACS动力学平衡的实操指南

  在做完单点突变后（无论你是用 PyMOL、FoldX 还是 Rosetta 得到的突变体 PDB 文件），如果手头没有 GPU 显卡，利用廉价的纯 CPU 云服务器（如 8 核或 16 核的按量付费实例）跑完前期的 能量最小化（EM） 、...

  15 2026/6/12 GROMACS分子动力学云服务器

• 白嫖云端算力：如何用免费 Google Colab 运行 GPU 加速的 GROMACS 分子动力学模拟

  对于从事计算生物学或计算化学的研究生和科研人员来说，本地缺乏高性能 GPU 算力是一个长期存在的痛点。Google Colab 提供的免费 T4 GPU 是一个极佳的“白嫖”资源。 本文将手把手带你配置 Google Colab 环境...

  9 2026/6/12 GROMACS分子动力学模拟

• 为什么你的RTX 4090跑GROMACS快不起来？盘点最影响GPU计算效率的MDP参数

  很多人在服务器上配置了昂贵的 A100 或是最新的 RTX 4090 显卡，但在运行 GROMACS 模拟时，却发现 GPU 占用率长期在 30% 到 50% 之间徘徊，跑出来的 ns/day 数据甚至不如低端显卡。 这种现象大概率不...

  8 2026/6/12 GROMACSGPU加速分子动力学

• GROMACS 中「-update gpu」报错的深度排查与解决方案：从算法限制到硬件配置

  在分子动力学模拟中，GROMACS 的 -update gpu 参数（即在 GPU 上进行坐标/速度更新和约束求解）是压榨 GPU 性能、实现「极速模拟」的关键。通过将 Update 步骤留在 GPU 上，可以彻底避免每一帧在 CPU...

  1 2026/6/13 GROMACS分子动力学GPU加速

• 彻底解决 GROMACS 模拟中的 CUDA Out of Memory：从域分解与显存分配机制谈起

  在进行大体系分子动力学（MD）模拟或使用多卡/多路 CPU 强卡并行的生产环境中，GROMACS 报错 "Out of memory" 导致 CUDA 驱动崩溃是一个非常经典且让人头疼的问题。 这类显存溢出（O...

  1 2026/6/13 GROMACSCUDA错误域分解