GROMACS
-
AlphaFold 3 迟到的开源:学术界的全面狂欢,与工业界尴尬的“围城”
从今年 5 月在《Nature》发表论文时仅提供限制重重的 Web 服务器,到 11 月正式释放完整源代码和模型权重,DeepMind 的这一百八十度大转弯,无疑是今年 AI for Science 领域最重磅的戏剧性事件。 对于这个...
59 DeepMind -
ESM-Fold预测出抗原表位后如何设计高活性的多肽模拟物
用 ESM-Fold 成功预测出抗原-抗体复合物的结合表位(Epitope)只是第一步。在实际的疫苗研发中,你无法直接把这一段天然序列切下来当成疫苗使用。 原因很简单: 游离的短肽在水溶液中会失去天然抗原的特定空间构象,变成无序的线团...
-
无复合物结构?仅凭 ESM-Fold 预测的抗原单体如何进行反向疫苗设计
在结构免疫学和疫苗研发中,最理想的情况是拥有 抗原-中和抗体复合物 的共晶或冷冻电镜结构,这能直接指出关键的保护性表位(Protective Epitope)。 但在面对新兴病原体或难结晶的膜蛋白时,我们往往只有基因序列。利用 ESM...
-
科研平替:ColabFold 蛋白质复合物预测进阶微调指南
在结构生物学领域,AlphaFold-Multimer 的出现极大地方便了蛋白质复合物的研究。然而,本地部署 AlphaFold-Multimer 对显存和硬盘(尤其是几 TB 的数据库)的要求让许多课题组望而却步。 作为高性价比的“...
-
单点突变后在无显卡云服务器运行GROMACS动力学平衡的实操指南
在做完单点突变后(无论你是用 PyMOL、FoldX 还是 Rosetta 得到的突变体 PDB 文件),如果手头没有 GPU 显卡,利用廉价的纯 CPU 云服务器(如 8 核或 16 核的按量付费实例)跑完前期的 能量最小化(EM) 、...
-
白嫖云端算力:如何用免费 Google Colab 运行 GPU 加速的 GROMACS 分子动力学模拟
对于从事计算生物学或计算化学的研究生和科研人员来说,本地缺乏高性能 GPU 算力是一个长期存在的痛点。Google Colab 提供的免费 T4 GPU 是一个极佳的“白嫖”资源。 本文将手把手带你配置 Google Colab 环境...
-
为什么你的RTX 4090跑GROMACS快不起来?盘点最影响GPU计算效率的MDP参数
很多人在服务器上配置了昂贵的 A100 或是最新的 RTX 4090 显卡,但在运行 GROMACS 模拟时,却发现 GPU 占用率长期在 30% 到 50% 之间徘徊,跑出来的 ns/day 数据甚至不如低端显卡。 这种现象大概率不...
-
GROMACS 中「-update gpu」报错的深度排查与解决方案:从算法限制到硬件配置
在分子动力学模拟中,GROMACS 的 -update gpu 参数(即在 GPU 上进行坐标/速度更新和约束求解)是压榨 GPU 性能、实现「极速模拟」的关键。通过将 Update 步骤留在 GPU 上,可以彻底避免每一帧在 CPU...
-
彻底解决 GROMACS 模拟中的 CUDA Out of Memory:从域分解与显存分配机制谈起
在进行大体系分子动力学(MD)模拟或使用多卡/多路 CPU 强卡并行的生产环境中,GROMACS 报错 "Out of memory" 导致 CUDA 驱动崩溃是一个非常经典且让人头疼的问题。 这类显存溢出(O...