域分解

• GROMACS 中「-update gpu」报错的深度排查与解决方案：从算法限制到硬件配置

  在分子动力学模拟中，GROMACS 的 -update gpu 参数（即在 GPU 上进行坐标/速度更新和约束求解）是压榨 GPU 性能、实现「极速模拟」的关键。通过将 Update 步骤留在 GPU 上，可以彻底避免每一帧在 CPU...

  278 2026/6/13 GROMACS分子动力学GPU加速

• 彻底解决 GROMACS 模拟中的 CUDA Out of Memory：从域分解与显存分配机制谈起

  在进行大体系分子动力学（MD）模拟或使用多卡/多路 CPU 强卡并行的生产环境中，GROMACS 报错 "Out of memory" 导致 CUDA 驱动崩溃是一个非常经典且让人头疼的问题。 这类显存溢出（O...

  237 2026/6/13 GROMACSCUDA错误域分解

• 单GPU多MPI跑GROMACS：如何通过NVIDIA MPS优化性能并彻底避免显存溢出

  在利用高性能计算（HPC）集群运行分子动力学模拟时，GROMACS 凭借其对 GPU 的高效支持成为了行业标配。然而，在实际生产环境中，我们经常会遇到这样的尴尬场景： 当模拟的体系较小（如少于 10 万原子），或者 CPU 核心数较...

  316 2026/6/13 GROMACSNVIDIA MPSGPU优化