GPU优化
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白嫖云端算力:如何用免费 Google Colab 运行 GPU 加速的 GROMACS 分子动力学模拟
对于从事计算生物学或计算化学的研究生和科研人员来说,本地缺乏高性能 GPU 算力是一个长期存在的痛点。Google Colab 提供的免费 T4 GPU 是一个极佳的“白嫖”资源。 本文将手把手带你配置 Google Colab 环境...
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单GPU多MPI跑GROMACS:如何通过NVIDIA MPS优化性能并彻底避免显存溢出
在利用高性能计算(HPC)集群运行分子动力学模拟时,GROMACS 凭借其对 GPU 的高效支持成为了行业标配。然而,在实际生产环境中,我们经常会遇到这样的尴尬场景: 当模拟的体系较小(如少于 10 万原子),或者 CPU 核心数较...