计算化学
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硫化物'穿隧'效应预测：分子拓扑学如何突破传统研究壁垒
在锂硫电池的研发实验室里，研究员小王正盯着屏幕上的分子动力学模拟结果发愁。那些看似规律的硫化物晶格结构中，锂离子的迁移路径总是出现难以解释的异常波动。这种困扰材料学界多年的'穿隧效应'，是否真的如最新理论研究指出的，可以通...
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药物发现提效降毒：新兴技术如何破局早期筛选
同学你好！你提出的问题非常深刻，也触及了药物发现领域一个核心的痛点。你老师说得没错，传统的药物筛选方法，比如基于细胞或酶的体外筛选，虽然经典，但其效率、特异性和对早期毒性/稳定性预测的能力确实有局限。很多化合物投入巨大精力合成出来，却因为...
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AlphaFold 3预测非规范核苷酸与金属离子配位时的底层算法缺陷
AlphaFold 3（AF3）从上一代的“基于残基局部坐标系（Frame-aligned）”转向了“全原子三维空间扩散模型（Diffusion Module）”。这一架构转变赋予了它处理任意化学实体（蛋白质、核酸、小分子配体、修饰基团及...
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AlphaFold 3能否替代传统对接和物理计算？深剖小分子与金属配体预测表现
作为计算化学和药物研发领域近期的最大热点，AlphaFold 3（AF3）将预测范围从单纯的蛋白质拓展到了核酸、小分子配体、金属离子以及化学修饰。这一跨越在学术界和工业界都引起了巨大震动。 但在热闹的宣发背后，我们需要冷静地评估两个核...
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从“只给网页”到“开源代码”：AlphaFold 3 的妥协、社区自救与AI制药的权力重构
2024 年 5 月，DeepMind 在《Nature》上发表了 AlphaFold 3（AF3），宣称其不仅能预测蛋白质，还能预测 DNA、RNA 以及化学小分子配体的复合物结构。然而，伴随这项里程碑式成果而来的，不是欢呼，而是一场结...
