ESMFold
-
除了AlphaFold 3,现代AI药物设计管线里还有哪些不可或缺的底层模型?
在AI制药(AIDD)领域,AlphaFold 3毫无疑问是聚光灯下最耀眼的明星。它解决了“结构预测”这一历史性难题。然而,药物研发是一个漫长且复杂的系统工程,从靶点发现、先导化合物筛选、结构优化到ADMET(吸收、分布、代谢、排泄和毒性...
-
RFdiffusion设计的蛋白质怎么看质量?小白保姆级PDB评估指标拆解
在 AI 蛋白质设计领域, RFdiffusion 毫无疑问是目前的明星工具。但很多刚入行或者跨界过来的同学,在跑完 RFdiffusion 拿到一堆 .pdb 格式的结构文件后,往往会一脸懵逼: “这个结构到底折叠得好不好?...
-
ProteinMPNN设计序列后 怎么用PyMOL分析突变体相互作用力
ProteinMPNN 是目前蛋白质从头设计(De Novo Protein Design)和序列优化领域的主流工具。但它输出的直接结果是 FASTA 格式的氨基酸序列 ,而非带有三维坐标的 PDB 结构。 要使用 PyMOL 分析...
-
如何用 AlphaFold-Multimer 落地抗原与海量天然抗体文库的盲筛对接管线
在没有已知抗体作为阳性对照的情况下,直接使用 AlphaFold-Multimer (AFM) 对数万甚至数百万个天然抗体序列进行盲筛对接,在计算资源(GPU 算力)和时间成本上是极不现实的。标准 AFM 预测一个抗原-抗体复合物通常...
-
别再用ColabFold做万级筛选了:超高通量抗体-抗原盲对接的几何深度学习工具指南
在抗体药物研发的早期阶段,面对数十万个候选抗体序列, ColabFold(基于 AlphaFold-Multimer)的推断速度是无法承受的。 尽管它的精度极高,但其庞大的参数量和自注意力机制的时间复杂度,导致单次对接耗时通常在数分钟到...
-
白嫖 Colab:如何无显卡(纯CPU)免费预测超长单链蛋白质结构?
在结构生物学界,预测超长单链蛋白(比如 >1000 个氨基酸)一直是个“吞金兽”级别的任务。 很多人习惯用 ColabFold (AlphaFold2)。但如果你试过在 Colab 的免费 T4 GPU 上跑 1200aa 以上...
-
AlphaFold 3 开源了却动不了?无 GPU 预算的生信避坑与替代工作流指南
不少做结构生物学和药物研发的同学最近都在关注 AlphaFold 3 (AF3) 的开源进展。 好消息是,DeepMind 在 2024 年 11 月终于迫于学术界压力,正式开源了 AlphaFold 3 的源代码和模型权重(仅限...
-
单卡跑通万级突变:本地轻量化 ESMFold 部署与高通量筛选实战
在蛋白质工程和定向进化中,对成百上千个突变体进行结构预测是一项常见的任务。传统的 AlphaFold2 尽管精度极高,但由于需要进行耗时的 MSA(多序列比对)检索,在面对高通量突变体筛选时,算力成本和时间周期往往难以接受。 Meta...
-
白嫖 Meta 算力:无显卡如何在 Colab 快速部署 ESMFold 并搞定单点突变分析
做结构生物学和计算生物学的同学,或多或少都经历过被显卡支配的恐惧。想跑个 AlphaFold2,光是配环境和下载那几个 TB 的数据库就能让人崩溃,更别提本地那块瑟瑟发抖的 RTX 3060 显卡了。 其实,如果你只是想针对某个靶点蛋...