PyMOL

• AlphaFold 3 迟到的开源：学术界的全面狂欢，与工业界尴尬的“围城”

  从今年 5 月在《Nature》发表论文时仅提供限制重重的 Web 服务器，到 11 月正式释放完整源代码和模型权重，DeepMind 的这一百八十度大转弯，无疑是今年 AI for Science 领域最重磅的戏剧性事件。 对于这个...

  36 2026/6/5 DeepMind

• RFdiffusion设计的蛋白质怎么看质量？小白保姆级PDB评估指标拆解

  在 AI 蛋白质设计领域， RFdiffusion 毫无疑问是目前的明星工具。但很多刚入行或者跨界过来的同学，在跑完 RFdiffusion 拿到一堆 .pdb 格式的结构文件后，往往会一脸懵逼： “这个结构到底折叠得好不好？...

  25 2026/6/6 蛋白质设计PDB结构评估

• ProteinMPNN设计序列后 怎么用PyMOL分析突变体相互作用力

  ProteinMPNN 是目前蛋白质从头设计（De Novo Protein Design）和序列优化领域的主流工具。但它输出的直接结果是 FASTA 格式的氨基酸序列 ，而非带有三维坐标的 PDB 结构。 要使用 PyMOL 分析...

  19 2026/6/7 PyMOL蛋白质设计

• 无三维结构时，如何仅凭氨基酸序列用 ESM-Fold 预测抗原结合表位？

  在抗体药物研发或免疫学研究中，获得抗原-抗体复合物的晶体结构通常耗时且成本高昂。随着单序列蛋白质结构预测工具（如 Meta 的 ESM-Fold）的出现，仅凭一级氨基酸序列预测抗原结合表位（Epitope）和抗体靶点（Paratope）已...

  12 2026/6/9 ESM-Fold表位预测结构生物学

• ESM-Fold预测出抗原表位后如何设计高活性的多肽模拟物

  用 ESM-Fold 成功预测出抗原-抗体复合物的结合表位（Epitope）只是第一步。在实际的疫苗研发中，你无法直接把这一段天然序列切下来当成疫苗使用。 原因很简单： 游离的短肽在水溶液中会失去天然抗原的特定空间构象，变成无序的线团...

  3 2026/6/9 多肽疫苗设计ESM-Fold计算结构生物学

• 如何用 AlphaFold-Multimer 落地抗原与海量天然抗体文库的盲筛对接管线

  在没有已知抗体作为阳性对照的情况下，直接使用 AlphaFold-Multimer (AFM) 对数万甚至数百万个天然抗体序列进行盲筛对接，在计算资源（GPU 算力）和时间成本上是极不现实的。标准 AFM 预测一个抗原-抗体复合物通常...

  1 2026/6/10 AlphaFold抗体虚拟筛选生物信息学