研究
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分手了还能做朋友吗
分手是一段感情关系中常见的结束方式，而在分手后，许多人都会面临一个重要的问题：分手了还能做朋友吗？本文将全面介绍这个问题，并探讨相关的观点和考虑因素。 分手后的不同相处方式 根据研究和观察，分手后的相处方式可以分为以下几类...
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婚姻给男人带来了什么
婚姻可以带给男人很多东西，其中一些可能包括： 情感支持：婚姻关系提供了相互支持、理解和爱的稳定来源，这对于情感健康是很重要的。 家庭和社会地位：婚姻可以帮助男人在家庭和社会中扮演更成功和更有效的角色。 经济安...
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全球运动饮料排行榜前十名
Gatorade：Gatorade 是一种著名的电解质饮料，由佐治亚大学研究团队在1965年为佐治亚大学美式足球队研发而成。它富含电解质、糖分和维生素等营养物质，有助于补充身体在运动中流失的水分和营养。 Powerade：Powe...
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现在AI发展这么快了，哪些行业容易被AI彻底取代？
今天无意间看到一篇文章，给我震撼到了，有一个AI可以根据文本提示，写出完整的一大段代码。 而且一些编程技术的问题，人工智能回答的很清晰，排版也工整，有没有一种可能以后大部分的程序员都得被AI替代了？ 图像AI，之前在短视频上很火的...
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物理黑群晖 vs PVE虚拟化：家用低功耗NAS，谁在硬盘休眠和省电上更胜一筹？
在折腾家用 NAS 的圈子里，“功耗”和“硬盘休眠”永远是绕不开的两个核心话题。 很多新手在规划自己的 low-power NAS 时，往往会被 PVE（Proxmox VE） 强大的虚拟化能力所吸引，幻想着“一台主机搞定群晖、软...
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PVE 8.0下Intel 12代及以上核显SR-IOV虚拟化实操教程（保留宿主机HDMI输出）
在 Intel 11 代之前的消费级平台上，我们常用 GVT-g 技术来对核显进行分片虚拟化。但从 12 代（Alder Lake）及以后的架构（包括 N100、i3-12100、i7-13700 等）开始，Intel 彻底废弃了 GVT...
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GROMACS 中「-update gpu」报错的深度排查与解决方案：从算法限制到硬件配置
在分子动力学模拟中，GROMACS 的 -update gpu 参数（即在 GPU 上进行坐标/速度更新和约束求解）是压榨 GPU 性能、实现「极速模拟」的关键。通过将 Update 步骤留在 GPU 上，可以彻底避免每一帧在 CPU...
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白嫖云端算力：如何用免费 Google Colab 运行 GPU 加速的 GROMACS 分子动力学模拟
对于从事计算生物学或计算化学的研究生和科研人员来说，本地缺乏高性能 GPU 算力是一个长期存在的痛点。Google Colab 提供的免费 T4 GPU 是一个极佳的“白嫖”资源。 本文将手把手带你配置 Google Colab 环境...
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单卡跑通万级突变：本地轻量化 ESMFold 部署与高通量筛选实战
在蛋白质工程和定向进化中，对成百上千个突变体进行结构预测是一项常见的任务。传统的 AlphaFold2 尽管精度极高，但由于需要进行耗时的 MSA（多序列比对）检索，在面对高通量突变体筛选时，算力成本和时间周期往往难以接受。 Meta...
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AlphaFold 3 开源了却动不了？无 GPU 预算的生信避坑与替代工作流指南
不少做结构生物学和药物研发的同学最近都在关注 AlphaFold 3 (AF3) 的开源进展。 好消息是，DeepMind 在 2024 年 11 月终于迫于学术界压力，正式开源了 AlphaFold 3 的源代码和模型权重（仅限...
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显存不够怎么跑 RoseTTAFold2？超大蛋白质复合物轻量化预测实战
生命科学领域的研究者，大概都经历过被 CUDA out of memory （显存溢出）支配的恐惧。 随着结构生物学进入“大复合物时代”，预测 2000aa（氨基酸残基）以上的超大蛋白质复合物已成常态。然而，RoseTTAFold2...
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科研平替：ColabFold 蛋白质复合物预测进阶微调指南
在结构生物学领域，AlphaFold-Multimer 的出现极大地方便了蛋白质复合物的研究。然而，本地部署 AlphaFold-Multimer 对显存和硬盘（尤其是几 TB 的数据库）的要求让许多课题组望而却步。 作为高性价比的“...
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不用A100也能跑！如何利用免费 Google Colab 运行 AlphaFold 3 社区修改版？
随着 Google DeepMind 正式开源 AlphaFold 3 (AF3) 的代码和模型权重，结构生物学界迎来了一波狂欢。但狂欢之余，残酷的硬件现实摆在面前：官方版的 AF3 运行需要下载近 2TB 的基因数据库，且本地运行极度依...
264 蛋白质结构预测 -
如何本地免商业授权费部署 AlphaFold 3？（附抗体-抗原复合物预测实操指南）
Google DeepMind 在 2024 年 11 月正式开源了 AlphaFold 3 (AF3) 的源代码及模型权重（针对学术与非商业用途）。这意味着研究人员终于可以摆脱 Web 服务器每天的提交限制，在本地环境中运行这一顶尖...
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无三维结构时，如何仅凭氨基酸序列用 ESM-Fold 预测抗原结合表位？
在抗体药物研发或免疫学研究中，获得抗原-抗体复合物的晶体结构通常耗时且成本高昂。随着单序列蛋白质结构预测工具（如 Meta 的 ESM-Fold）的出现，仅凭一级氨基酸序列预测抗原结合表位（Epitope）和抗体靶点（Paratope）已...
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抗体非特异性结合（NSB）筛查：如何选择与应用开源抗体蛋白质语言模型（pLM）
在治疗性抗体开发中，非特异性结合（Non-Specific Binding, NSB）或多反应性（Polyreactivity）是导致候选药物在体内药代动力学（PK）性质差、清除率快以及毒性升高的主要原因之一。 利用蛋白质语言模型（p...
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ProteinMPNN设计序列后 怎么用PyMOL分析突变体相互作用力
ProteinMPNN 是目前蛋白质从头设计（De Novo Protein Design）和序列优化领域的主流工具。但它输出的直接结果是 FASTA 格式的氨基酸序列 ，而非带有三维坐标的 PDB 结构。 要使用 PyMOL 分析...
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显存不够也能玩转AI制药：本地低配环境搭建 RFdiffusion + ProteinMPNN 工作流指南
作为蛋白质 de novo 设计领域的“黄金搭档”，RFdiffusion（负责骨架生成）和 ProteinMPNN（负责序列设计）几乎是目前计算生物学研究的标配。然而，官方文档中动辄要求 A100 或 24G 显存显卡的配置，让许多只有...
348 蛋白质设计 -
那些曾经靠「解结构」坐拥 CNS 的实验室，在 AlphaFold 3 时代都转型去哪了？
AlphaFold 3（AF3）的开源，尤其是它对蛋白质-核酸、蛋白质-小分子配体、修饰性化学基团复合物预测能力的跃升，确实给传统结构生物学界带来了一场海啸。 在几年前，冷冻电镜（Cryo-EM）刚普及的“黄金时代”，一个课题组只要能...
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那些贷款买 Titan Krios 的地方高校和中小 CRO，如今正面临怎样的隐秘危机？
在生物医药和结构生物学界，赛默飞的 Titan Krios （300kV 冷冻透射电镜）一直被誉为“科研重器”与“吞金巨兽”。前几年，乘着结构生物学解析风口、地方政府产业规划红利，以及 2022 年底那一波“设备更新改造专项再贷款”的东...
