度学习
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无需重启宿主机：基于 VFIO-PCI 实现 GPU 动态热插拔与直通全解析
在传统 KVM/QEMU 虚拟化方案中，GPU 直通（Passthrough）通常需要在宿主机引导时（via Grub）就将显卡通过 vfio-pci.ids 锁定。这种“静态直通”虽然稳定，但极大地限制了硬件资产的利用率——当虚拟机...
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Triton共享内存在C++与Python客户端下的性能差异与调优实践
在利用 Triton Inference Server 部署高吞吐、低延迟的深度学习模型时，传统的 gRPC 或 HTTP 协议往往会因为 数据序列化/反序列化 以及 网络栈拷贝 成为系统瓶颈。特别是在处理超大图像、视频流或高维张量时，这...
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Triton 报 Shared Memory 内存不足？免重启在线清理与重建指南
在生产环境中部署 Triton Inference Server 时，为了追求极致的吞吐和极低的延迟，我们通常会开启**共享内存（Shared Memory，包括 System SHM 和 CUDA SHM）**来传输 Inference...
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Triton 架构下 Python 与 PyTorch Backend 的并发显存开销差异及泄露精准定位实践
在生产环境中部署深度学习模型时，NVIDIA Triton Inference Server 是最常用的高性能推理引擎之一。然而，许多开发者在从 PyTorch (LibTorch) Backend 迁移到 Python Backend，...
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突破 IPC 瓶颈：如何在 Triton Python Backend 中优雅地使用 CUDA Shared Memory？
在高性能深度学习推理场景中， Triton Inference Server 凭其优秀的并发处理能力被广泛采用。然而，许多团队在使用 Python Backend 编写自定义预处理或模型后处理逻辑时，常常会遇到性能瓶颈。 这个瓶...
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Triton 复杂推理流水线：Ensemble 与 BLS 的时延损耗深剖与选型指南
在将深度学习模型推向生产环境时，极少有单体模型能包揽全部业务逻辑。一个典型的工业级推理服务往往由多个模块级联而成：例如“ 目标检测（YOLO） -> 抠图与对齐（预处理） -> 特征提取（ResNet） -> 向量检索与...
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Triton 推理服务性能调优：如何通过 Dynamic Batching 与队列配置掐准延迟与吞吐的平衡点
在生产环境中部署深度学习模型时，我们经常面临一个看似不可调和的矛盾： 为了压榨 GPU 的极限吞吐量（Throughput），我们需要尽可能把 Batch Size 攒得更大；而为了满足业务端极限制延（Latency SLA）的要求，请求...
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为什么开启 NVIDIA MPS 后 MPI 进程会突发 CUDA_ERROR_OUT_OF_MEMORY？原理剖析与排查指南
在利用 MPI（Message Passing Interface）进行多进程并行计算或分布式深度学习训练时，为了提高 GPU 利用率，我们常常会开启 NVIDIA MPS（Multi-Process Service）。MPS 的初衷是允...
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别再用ColabFold做万级筛选了：超高通量抗体-抗原盲对接的几何深度学习工具指南
在抗体药物研发的早期阶段，面对数十万个候选抗体序列， ColabFold（基于 AlphaFold-Multimer）的推断速度是无法承受的。 尽管它的精度极高，但其庞大的参数量和自注意力机制的时间复杂度，导致单次对接耗时通常在数分钟到...
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如何用 AlphaFold-Multimer 落地抗原与海量天然抗体文库的盲筛对接管线
在没有已知抗体作为阳性对照的情况下，直接使用 AlphaFold-Multimer (AFM) 对数万甚至数百万个天然抗体序列进行盲筛对接，在计算资源（GPU 算力）和时间成本上是极不现实的。标准 AFM 预测一个抗原-抗体复合物通常...
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无复合物结构？仅凭 ESM-Fold 预测的抗原单体如何进行反向疫苗设计
在结构免疫学和疫苗研发中，最理想的情况是拥有 抗原-中和抗体复合物 的共晶或冷冻电镜结构，这能直接指出关键的保护性表位（Protective Epitope）。 但在面对新兴病原体或难结晶的膜蛋白时，我们往往只有基因序列。利用 ESM...
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除了FoldX，如何用深度学习方法快速评估ProteinMPNN突变体的结合力？
在蛋白质从头设计（De Novo Protein Design）或亲和力成熟（Affinity Maturation）的工作流中， ProteinMPNN 已经成为序列设计的标配工具。然而，ProteinMPNN 产生的候选序列往往成百...
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显存不够也能玩转AI制药：本地低配环境搭建 RFdiffusion + ProteinMPNN 工作流指南
作为蛋白质 de novo 设计领域的“黄金搭档”，RFdiffusion（负责骨架生成）和 ProteinMPNN（负责序列设计）几乎是目前计算生物学研究的标配。然而，官方文档中动辄要求 A100 或 24G 显存显卡的配置，让许多只有...
245 蛋白质设计 -
如何评价开源模型 Boltz-1 和 Chai-1？它们能否在药物研发中真正替代 AlphaFold 3？
在 AI 结构生物学领域，AlphaFold 3（AF3）的发布无疑是一座里程碑，它将预测范围从单纯的蛋白质拓展到了核酸、小分子配体和修饰。然而，对于制药工业界和广大科研人员来说，AF3 最初“犹抱琵琶半遮面”的闭源状态（早期仅提供有诸多...
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AlphaFold 3能否替代传统对接和物理计算？深剖小分子与金属配体预测表现
作为计算化学和药物研发领域近期的最大热点，AlphaFold 3（AF3）将预测范围从单纯的蛋白质拓展到了核酸、小分子配体、金属离子以及化学修饰。这一跨越在学术界和工业界都引起了巨大震动。 但在热闹的宣发背后，我们需要冷静地评估两个核...
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RNA动态构象系综的“硬骨头”：几何深度学习的最新解法与物理瓶颈
在 AlphaFold 3 和 RoseTTAFold-All-Atom 掀起的多模态分子结构预测浪潮中，RNA 似乎成了聚光灯下最难啃的骨头。与结构相对规整、存在大量同源模板的蛋白质不同，RNA 在生理环境中表现出极高的柔性和动态多变性...
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如何用图神经网络（GNN）预测RNA二级结构与配体结合位点？一文读懂前沿算法框架
在AI制药（AIDD）领域，RNA作为药物靶点（如核糖开关、非编码RNA、病毒RNA基因组）的潜力正被快速释放。然而，RNA极易弯折且动态多变，其功能的发挥高度依赖于其空间折叠结构以及与小分子配体的特异性结合。 传统的实验方法（如X射...
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如何基于生成式AI与多目标优化从头设计超低免疫原性的合成5' UTR
在mRNA疫苗和核酸药物的设计中，5' 非翻译区（5' UTR）扮演着决定性的角色。它不仅是核糖体招募与扫描的“停机坪”，直接决定了蛋白质的翻译效率（Translation Efficiency, TE），同时也是天然免疫...
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如何通过高通量筛选（HTS）优化 mRNA 的 5' UTR，以规避宿主免疫系统的识别？
在 mRNA 疫苗和疗法的研发中，我们经常面临一个极其棘手的“双向困境”： 既要极高的翻译效率，又要极低的免疫原性 。 虽然化学修饰（如 N1-甲基假尿苷 $m1 Psi$）能显著降低外源 mRNA 被宿主模式识别受体（PRRs）识别...
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除了转录因子，高通量筛选在非编码RNA与调控元件中还有哪些高价值应用？
在分子生物学和基因治疗领域，高通量筛选（High-Throughput Screening, HTS）早就不再局限于“转录因子（TF）-靶启动子”这种经典的蛋白质-DNA相互作用模式。 随着大规模并行报告基因分析（MPRA）、CRIS...
