MPI

• 单点突变后在无显卡云服务器运行GROMACS动力学平衡的实操指南

  在做完单点突变后（无论你是用 PyMOL、FoldX 还是 Rosetta 得到的突变体 PDB 文件），如果手头没有 GPU 显卡，利用廉价的纯 CPU 云服务器（如 8 核或 16 核的按量付费实例）跑完前期的 能量最小化（EM） 、...

  17 2026/6/12 GROMACS分子动力学云服务器

• GROMACS 中「-update gpu」报错的深度排查与解决方案：从算法限制到硬件配置

  在分子动力学模拟中，GROMACS 的 -update gpu 参数（即在 GPU 上进行坐标/速度更新和约束求解）是压榨 GPU 性能、实现「极速模拟」的关键。通过将 Update 步骤留在 GPU 上，可以彻底避免每一帧在 CPU...

  5 2026/6/13 GROMACS分子动力学GPU加速

• 彻底解决 GROMACS 模拟中的 CUDA Out of Memory：从域分解与显存分配机制谈起

  在进行大体系分子动力学（MD）模拟或使用多卡/多路 CPU 强卡并行的生产环境中，GROMACS 报错 "Out of memory" 导致 CUDA 驱动崩溃是一个非常经典且让人头疼的问题。 这类显存溢出（O...

  6 2026/6/13 GROMACSCUDA错误域分解

• 单GPU多MPI跑GROMACS：如何通过NVIDIA MPS优化性能并彻底避免显存溢出

  在利用高性能计算（HPC）集群运行分子动力学模拟时，GROMACS 凭借其对 GPU 的高效支持成为了行业标配。然而，在实际生产环境中，我们经常会遇到这样的尴尬场景： 当模拟的体系较小（如少于 10 万原子），或者 CPU 核心数较...

  5 2026/6/13 GROMACSNVIDIA MPSGPU优化

• 多卡多NUMA服务器性能调优：MPI进程、GPU与MPS守护进程的最优绑定实践

  在多卡多NUMA（Non-Uniform Memory Access）架构的服务器上运行MPI（Message Passing Interface）大规模并行程序时，默认的调度策略往往会导致灾难性的性能抖动。 如果一个MPI进程运行在...

  6 2026/6/13 GPUMPINUMA