AlphaFold 热评排序

• 科研平替：ColabFold 蛋白质复合物预测进阶微调指南

  在结构生物学领域，AlphaFold-Multimer 的出现极大地方便了蛋白质复合物的研究。然而，本地部署 AlphaFold-Multimer 对显存和硬盘（尤其是几 TB 的数据库）的要求让许多课题组望而却步。 作为高性价比的“...

  9 2026/6/10 ColabFoldAlphaFold结构生物学

• 单卡 RTX 4090 本地部署 AlphaFold 3 实操与显存优化指南

  Google DeepMind 正式开源 AlphaFold 3 (AF3) 的源代码和模型权重后，生命科学与 AI 交叉领域的开发者迎来了一波本地部署热潮。 虽然官方推荐使用 A100/H100 等企业级显卡，但对于预算有限的个人开...

  8 2026/6/10 RTX 4090生物信息学

• 不用A100也能跑！如何利用免费 Google Colab 运行 AlphaFold 3 社区修改版？

  随着 Google DeepMind 正式开源 AlphaFold 3 (AF3) 的代码和模型权重，结构生物学界迎来了一波狂欢。但狂欢之余，残酷的硬件现实摆在面前：官方版的 AF3 运行需要下载近 2TB 的基因数据库，且本地运行极度依...

  9 2026/6/10 蛋白质结构预测

• 如何本地免商业授权费部署 AlphaFold 3？（附抗体-抗原复合物预测实操指南）

  Google DeepMind 在 2024 年 11 月正式开源了 AlphaFold 3 (AF3) 的源代码及模型权重（针对学术与非商业用途）。这意味着研究人员终于可以摆脱 Web 服务器每天的提交限制，在本地环境中运行这一顶尖...

  10 2026/6/10 抗体设计本地部署

• 用 AlphaFold 3 搞定双特异性抗体结构建模与优化：从实操到避坑指南

  在多特异性抗体（如双抗 BsAb、三抗等）的研发过程中，结构建模一直是个让人头疼的难题。双抗不仅涉及多个抗原结合位点（Paratope）与不同抗原表位（Epitope）的复杂相互作用，还常常引入非天然的接头（Linker）、突变位点（如 ...

  10 2026/6/10 双特异性抗体药物设计

• 别再用ColabFold做万级筛选了：超高通量抗体-抗原盲对接的几何深度学习工具指南

  在抗体药物研发的早期阶段，面对数十万个候选抗体序列， ColabFold（基于 AlphaFold-Multimer）的推断速度是无法承受的。 尽管它的精度极高，但其庞大的参数量和自注意力机制的时间复杂度，导致单次对接耗时通常在数分钟到...

  8 2026/6/10 几何深度学习抗体抗原对接DiffDock

• 如何用 AlphaFold-Multimer 落地抗原与海量天然抗体文库的盲筛对接管线

  在没有已知抗体作为阳性对照的情况下，直接使用 AlphaFold-Multimer (AFM) 对数万甚至数百万个天然抗体序列进行盲筛对接，在计算资源（GPU 算力）和时间成本上是极不现实的。标准 AFM 预测一个抗原-抗体复合物通常...

  11 2026/6/10 AlphaFold抗体虚拟筛选生物信息学

• 无三维结构时，如何仅凭氨基酸序列用 ESM-Fold 预测抗原结合表位？

  在抗体药物研发或免疫学研究中，获得抗原-抗体复合物的晶体结构通常耗时且成本高昂。随着单序列蛋白质结构预测工具（如 Meta 的 ESM-Fold）的出现，仅凭一级氨基酸序列预测抗原结合表位（Epitope）和抗体靶点（Paratope）已...

  15 2026/6/9 ESM-Fold表位预测结构生物学

• 如何在不牺牲抗体结合力的前提下，利用ProteinMPNN大幅提升热稳定性（Tm）？

  在抗体工程中， 热稳定性（Tm值）与亲和力（结合力）的协同优化 是一个经典的“既要又要”难题。 ProteinMPNN 作为目前最优秀的逆折叠（Inverse Folding）模型之一，其本质是根据主链几何结构生成匹配的氨基酸序列。它...

  30 2026/6/7 抗体设计热稳定性

• 除了FoldX，如何用深度学习方法快速评估ProteinMPNN突变体的结合力？

  在蛋白质从头设计（De Novo Protein Design）或亲和力成熟（Affinity Maturation）的工作流中， ProteinMPNN 已经成为序列设计的标配工具。然而，ProteinMPNN 产生的候选序列往往成百...

  32 2026/6/7 结合力预测深度学习

• ProteinMPNN设计序列后 怎么用PyMOL分析突变体相互作用力

  ProteinMPNN 是目前蛋白质从头设计（De Novo Protein Design）和序列优化领域的主流工具。但它输出的直接结果是 FASTA 格式的氨基酸序列 ，而非带有三维坐标的 PDB 结构。 要使用 PyMOL 分析...

  29 2026/6/7 PyMOL蛋白质设计

• RFdiffusion设计的蛋白质怎么看质量？小白保姆级PDB评估指标拆解

  在 AI 蛋白质设计领域， RFdiffusion 毫无疑问是目前的明星工具。但很多刚入行或者跨界过来的同学，在跑完 RFdiffusion 拿到一堆 .pdb 格式的结构文件后，往往会一脸懵逼： “这个结构到底折叠得好不好？...

  28 2026/6/6 蛋白质设计PDB结构评估

• 除了AlphaFold 3，现代AI药物设计管线里还有哪些不可或缺的底层模型？

  在AI制药（AIDD）领域，AlphaFold 3毫无疑问是聚光灯下最耀眼的明星。它解决了“结构预测”这一历史性难题。然而，药物研发是一个漫长且复杂的系统工程，从靶点发现、先导化合物筛选、结构优化到ADMET（吸收、分布、代谢、排泄和毒性...

  32 2026/6/6 AI制药AIDD生物信息学

• AlphaFold 3 都能预测配体结合了，为什么 AI 制药公司还要砸钱做湿实验？

  在生物医药和 AI 交叉领域，AlphaFold 3（AF3）的发布无疑是一场地震。它不仅能预测蛋白质结构，还能预测蛋白质与小分子配体、DNA、RNA 的复合物结构。 这时候，很多行外人（甚至不少投资人）都会产生一个极其自然的疑问： ...

  36 2026/6/6 AI制药高通量筛选

• 那些曾经靠「解结构」坐拥 CNS 的实验室，在 AlphaFold 3 时代都转型去哪了？

  AlphaFold 3（AF3）的开源，尤其是它对蛋白质-核酸、蛋白质-小分子配体、修饰性化学基团复合物预测能力的跃升，确实给传统结构生物学界带来了一场海啸。 在几年前，冷冻电镜（Cryo-EM）刚普及的“黄金时代”，一个课题组只要能...

  33 2026/6/6 结构生物学冷冻电镜

• 那些贷款买 Titan Krios 的地方高校和中小 CRO，如今正面临怎样的隐秘危机？

  在生物医药和结构生物学界，赛默飞的 Titan Krios （300kV 冷冻透射电镜）一直被誉为“科研重器”与“吞金巨兽”。前几年，乘着结构生物学解析风口、地方政府产业规划红利，以及 2022 年底那一波“设备更新改造专项再贷款”的东...

  36 2026/6/5 冷冻电镜科研仪器生物医药CRO

• AlphaFold 3 本地开源，会砸了冷冻电镜（Cryo-EM）服务商的饭碗吗？

  AlphaFold 3（AF3）学术版的本地部署和开源，在结构生物学界和药物研发领域激起了不小的水花。对于那些手握数台 Titan Krios（冷冻透射电镜）、靠提供“制样-数据采集-结构解析”一条龙服务的传统 Cryo-EM 实验服务商...

  36 2026/6/5 冷冻电镜生物医药CRO

• AlphaFold 3 迟到的开源：学术界的全面狂欢，与工业界尴尬的“围城”

  从今年 5 月在《Nature》发表论文时仅提供限制重重的 Web 服务器，到 11 月正式释放完整源代码和模型权重，DeepMind 的这一百八十度大转弯，无疑是今年 AI for Science 领域最重磅的戏剧性事件。 对于这个...

  41 2026/6/5 DeepMind

• AlphaFold 3 开源学术权重后，AI 制药创业公司靠什么活下去

  Google DeepMind 终究还是向学术界低了头。 AlphaFold 3（以下简称 AF3）的源代码和学术权重正式开源。这一举动，把大半年前因“仅提供 Web 服务器、限制每日调用、不给权重”而引发的学术界怒火彻底平息，但也顺...

  45 2026/6/5 AI 制药生物医药创业

• 如何评价开源模型 Boltz-1 和 Chai-1？它们能否在药物研发中真正替代 AlphaFold 3？

  在 AI 结构生物学领域，AlphaFold 3（AF3）的发布无疑是一座里程碑，它将预测范围从单纯的蛋白质拓展到了核酸、小分子配体和修饰。然而，对于制药工业界和广大科研人员来说，AF3 最初“犹抱琵琶半遮面”的闭源状态（早期仅提供有诸多...

  46 2026/6/5 药物研发生物信息学