科学
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PVE直通网卡后进不去后台？教你用虚拟网桥解决管理口冲突
玩 All-in-One 或者是软路由双系统的小伙伴，大概率都遇到过这个“名场面”： 在 Proxmox VE（PVE）后台，兴奋地把物理网卡（比如板载的 Intel i226-V）顺手配置了 PCIe 直通 给 OpenWrt/i...
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彻底解决 RocksDB Write Stall：当 pending compaction bytes 激增，如何平滑限流避免延迟抖动？
在基于 LSM-Tree（Log-Structured Merge-Tree）架构的存储引擎（如 RocksDB）中， Write Stall（写入停顿） 是最令架构师和 DB 运维人员头疼的性能杀手。当写入速度远超后台 Compact...
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Linux 大页（HugePages）配置指南：如何精准计算并科学避坑？
在维护大内存服务器（如 128GB、256GB 甚至更高）并运行高并发、重 I/O 的数据库系统（如 PostgreSQL、Oracle、Redis 等）时，Linux 默认的 4KB 内存页往往会成为系统性能的隐形杀手。 当物理内存...
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深度解析：NVIDIA MIG 与 MPS 在算力切分上的底层隔离机制有何本质不同？
在 GPU 算力虚拟化和多租户共享的场景中，NVIDIA 提供了两种主流的切分技术： MPS（Multi-Process Service，多进程服务） 和 MIG（Multi-Instance GPU，多实例 GPU） 。 虽然这...
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多卡多NUMA服务器性能调优：MPI进程、GPU与MPS守护进程的最优绑定实践
在多卡多NUMA（Non-Uniform Memory Access）架构的服务器上运行MPI（Message Passing Interface）大规模并行程序时，默认的调度策略往往会导致灾难性的性能抖动。 如果一个MPI进程运行在...
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显存不够怎么跑 RoseTTAFold2？超大蛋白质复合物轻量化预测实战
生命科学领域的研究者，大概都经历过被 CUDA out of memory （显存溢出）支配的恐惧。 随着结构生物学进入“大复合物时代”，预测 2000aa（氨基酸残基）以上的超大蛋白质复合物已成常态。然而，RoseTTAFold2...
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科研平替：ColabFold 蛋白质复合物预测进阶微调指南
在结构生物学领域，AlphaFold-Multimer 的出现极大地方便了蛋白质复合物的研究。然而，本地部署 AlphaFold-Multimer 对显存和硬盘（尤其是几 TB 的数据库）的要求让许多课题组望而却步。 作为高性价比的“...
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单卡 RTX 4090 本地部署 AlphaFold 3 实操与显存优化指南
Google DeepMind 正式开源 AlphaFold 3 (AF3) 的源代码和模型权重后，生命科学与 AI 交叉领域的开发者迎来了一波本地部署热潮。 虽然官方推荐使用 A100/H100 等企业级显卡，但对于预算有限的个人开...
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不用A100也能跑！如何利用免费 Google Colab 运行 AlphaFold 3 社区修改版？
随着 Google DeepMind 正式开源 AlphaFold 3 (AF3) 的代码和模型权重，结构生物学界迎来了一波狂欢。但狂欢之余，残酷的硬件现实摆在面前：官方版的 AF3 运行需要下载近 2TB 的基因数据库，且本地运行极度依...
284 蛋白质结构预测 -
如何本地免商业授权费部署 AlphaFold 3？（附抗体-抗原复合物预测实操指南）
Google DeepMind 在 2024 年 11 月正式开源了 AlphaFold 3 (AF3) 的源代码及模型权重（针对学术与非商业用途）。这意味着研究人员终于可以摆脱 Web 服务器每天的提交限制，在本地环境中运行这一顶尖...
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显存不够也能玩转AI制药：本地低配环境搭建 RFdiffusion + ProteinMPNN 工作流指南
作为蛋白质 de novo 设计领域的“黄金搭档”，RFdiffusion（负责骨架生成）和 ProteinMPNN（负责序列设计）几乎是目前计算生物学研究的标配。然而，官方文档中动辄要求 A100 或 24G 显存显卡的配置，让许多只有...
366 蛋白质设计 -
AlphaFold 3 都能预测配体结合了，为什么 AI 制药公司还要砸钱做湿实验？
在生物医药和 AI 交叉领域，AlphaFold 3（AF3）的发布无疑是一场地震。它不仅能预测蛋白质结构，还能预测蛋白质与小分子配体、DNA、RNA 的复合物结构。 这时候，很多行外人（甚至不少投资人）都会产生一个极其自然的疑问： ...
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那些曾经靠「解结构」坐拥 CNS 的实验室，在 AlphaFold 3 时代都转型去哪了？
AlphaFold 3（AF3）的开源，尤其是它对蛋白质-核酸、蛋白质-小分子配体、修饰性化学基团复合物预测能力的跃升，确实给传统结构生物学界带来了一场海啸。 在几年前，冷冻电镜（Cryo-EM）刚普及的“黄金时代”，一个课题组只要能...
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AlphaFold 3 迟到的开源：学术界的全面狂欢，与工业界尴尬的“围城”
从今年 5 月在《Nature》发表论文时仅提供限制重重的 Web 服务器，到 11 月正式释放完整源代码和模型权重，DeepMind 的这一百八十度大转弯，无疑是今年 AI for Science 领域最重磅的戏剧性事件。 对于这个...
293 DeepMind -
从“只给网页”到“开源代码”：AlphaFold 3 的妥协、社区自救与AI制药的权力重构
2024 年 5 月，DeepMind 在《Nature》上发表了 AlphaFold 3（AF3），宣称其不仅能预测蛋白质，还能预测 DNA、RNA 以及化学小分子配体的复合物结构。然而，伴随这项里程碑式成果而来的，不是欢呼，而是一场结...
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AlphaFold 3能否替代传统对接和物理计算？深剖小分子与金属配体预测表现
作为计算化学和药物研发领域近期的最大热点，AlphaFold 3（AF3）将预测范围从单纯的蛋白质拓展到了核酸、小分子配体、金属离子以及化学修饰。这一跨越在学术界和工业界都引起了巨大震动。 但在热闹的宣发背后，我们需要冷静地评估两个核...
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基于介电泳‑电穿孔协同的植物叶肉原生质体高通量转染体系
引言：从叶肉到田间的加速器 在作物改良的赛道上，功能基因组学团队最头疼的不是找不到候选基因，而是 验证速度跟不上筛选速度 。传统PEG化学法转染原生质体，操作员得像绣花一样逐个处理，培养皿里一群脆弱的"裸核"随时可...
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温度胁迫下鹿角杯形珊瑚早期胚胎热休克蛋白表达的上游调控机制与表观遗传修饰研究
引言 全球气候变暖正以空前的速度影响着海洋生态系统，而造礁石珊瑚作为热带海域最具代表性的框架构建者，其生存状况直接关系到全球超过五亿人赖以为生的海洋资源。根据政府间气候变化专门委员会（IPCC）的预测，若全球平均温度上升2℃，将导致超...
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非损伤微测技术监测珊瑚胚胎钙离子流场：能否揭示受精后膜电位的时空特征？
技术原理与方法的契合度 非损伤微测技术（NMT）的核心优势在于其 无损伤、实时、三维空间分辨率 的离子流测量能力。当我们将这项技术与珊瑚胚胎发育研究相结合时，首先要明确一个基本前提： 钙离子动力学本身就是膜电位变化的直接指示器 。 ...
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揭开Sophronitis血统矮化之谜：所谓“侏懦基因”是否真实存在？
在兰花杂交育种领域，Sophronitis属的血统一直是个有趣的话题。许多爱好者发现，当引入这个南美小个子家族的基因后，后代往往表现出明显的株幅缩减。于是坊间流传着一种说法——Sophronitis携带某种“侏儒基因”。但真相究竟如何？让...
