配置
-
单卡 RTX 4090 本地部署 AlphaFold 3 实操与显存优化指南
Google DeepMind 正式开源 AlphaFold 3 (AF3) 的源代码和模型权重后，生命科学与 AI 交叉领域的开发者迎来了一波本地部署热潮。 虽然官方推荐使用 A100/H100 等企业级显卡，但对于预算有限的个人开...
-
不用A100也能跑！如何利用免费 Google Colab 运行 AlphaFold 3 社区修改版？
随着 Google DeepMind 正式开源 AlphaFold 3 (AF3) 的代码和模型权重，结构生物学界迎来了一波狂欢。但狂欢之余，残酷的硬件现实摆在面前：官方版的 AF3 运行需要下载近 2TB 的基因数据库，且本地运行极度依...
421 蛋白质结构预测 -
如何本地免商业授权费部署 AlphaFold 3？（附抗体-抗原复合物预测实操指南）
Google DeepMind 在 2024 年 11 月正式开源了 AlphaFold 3 (AF3) 的源代码及模型权重（针对学术与非商业用途）。这意味着研究人员终于可以摆脱 Web 服务器每天的提交限制，在本地环境中运行这一顶尖...
-
用 AlphaFold 3 搞定双特异性抗体结构建模与优化：从实操到避坑指南
在多特异性抗体（如双抗 BsAb、三抗等）的研发过程中，结构建模一直是个让人头疼的难题。双抗不仅涉及多个抗原结合位点（Paratope）与不同抗原表位（Epitope）的复杂相互作用，还常常引入非天然的接头（Linker）、突变位点（如 ...
-
如何用 ESM-2 进行抗体-抗原结合亲和力预测？从零样本表征到微调实操
在 AI 辅助抗体药物研发（AIDD）中，评估抗体与抗原之间的结合亲和力（Affinity）是核心环节。Meta 团队开源的 ESM-2 作为目前最强大的蛋白质语言模型之一，凭借其在海量无标注蛋白质序列上学习到的进化和物理化学规律，成...
-
抗体非特异性结合（NSB）筛查：如何选择与应用开源抗体蛋白质语言模型（pLM）
在治疗性抗体开发中，非特异性结合（Non-Specific Binding, NSB）或多反应性（Polyreactivity）是导致候选药物在体内药代动力学（PK）性质差、清除率快以及毒性升高的主要原因之一。 利用蛋白质语言模型（p...
-
如何在不牺牲抗体结合力的前提下，利用ProteinMPNN大幅提升热稳定性（Tm）？
在抗体工程中， 热稳定性（Tm值）与亲和力（结合力）的协同优化 是一个经典的“既要又要”难题。 ProteinMPNN 作为目前最优秀的逆折叠（Inverse Folding）模型之一，其本质是根据主链几何结构生成匹配的氨基酸序列。它...
-
除了FoldX，如何用深度学习方法快速评估ProteinMPNN突变体的结合力？
在蛋白质从头设计（De Novo Protein Design）或亲和力成熟（Affinity Maturation）的工作流中， ProteinMPNN 已经成为序列设计的标配工具。然而，ProteinMPNN 产生的候选序列往往成百...
-
批量用FoldX计算ProteinMPNN突变体结合自由能变化（ddG）的高效工作流
在蛋白质计算设计中， ProteinMPNN 凭借其强大的序列生成能力，能够快速给出成百上千个潜在的突变序列。然而，ProteinMPNN 无法直接给出物理意义上的结合自由能变化（$ Delta Delta G_{ text{bind}...
-
显存不够也能玩转AI制药：本地低配环境搭建 RFdiffusion + ProteinMPNN 工作流指南
作为蛋白质 de novo 设计领域的“黄金搭档”，RFdiffusion（负责骨架生成）和 ProteinMPNN（负责序列设计）几乎是目前计算生物学研究的标配。然而，官方文档中动辄要求 A100 或 24G 显存显卡的配置，让许多只有...
584 蛋白质设计 -
那些贷款买 Titan Krios 的地方高校和中小 CRO，如今正面临怎样的隐秘危机？
在生物医药和结构生物学界，赛默飞的 Titan Krios （300kV 冷冻透射电镜）一直被誉为“科研重器”与“吞金巨兽”。前几年，乘着结构生物学解析风口、地方政府产业规划红利，以及 2022 年底那一波“设备更新改造专项再贷款”的东...
-
AlphaFold 3 本地开源，会砸了冷冻电镜（Cryo-EM）服务商的饭碗吗？
AlphaFold 3（AF3）学术版的本地部署和开源，在结构生物学界和药物研发领域激起了不小的水花。对于那些手握数台 Titan Krios（冷冻透射电镜）、靠提供“制样-数据采集-结构解析”一条龙服务的传统 Cryo-EM 实验服务商...
-
微流控芯片结合AI视觉的海月水母单胚胎CRISPR高效注射系统
研究背景与意义 海月水母（Aurelia aurita）作为刺胞动物门的代表物种，因其透明的早期胚胎、清晰的发育过程以及强大的再生能力，已成为研究细胞命运决定、神经发育和再生的重要模式生物。然而，传统的手动显微注射方法在水母胚胎中的应...
-
海月水母CRISPR热休克启动子编辑与活体荧光成像：潮间带模式物种的温度响应研究全流程
引言：为什么选择海月水母和hsp启动子？ 海月水母( Aurelia coerulea )近年来迅速崛起为潮间带海洋无脊椎动物研究的明星模式生物。它的胚胎高度透明、发育速度快（受精后数小时即可观察）、且在自然界中广泛分布，这些特点使其...
-
非损伤微测技术监测珊瑚胚胎钙离子流场：能否揭示受精后膜电位的时空特征？
技术原理与方法的契合度 非损伤微测技术（NMT）的核心优势在于其 无损伤、实时、三维空间分辨率 的离子流测量能力。当我们将这项技术与珊瑚胚胎发育研究相结合时，首先要明确一个基本前提： 钙离子动力学本身就是膜电位变化的直接指示器 。 ...
-
揭开Sophronitis血统矮化之谜：所谓“侏懦基因”是否真实存在？
在兰花杂交育种领域，Sophronitis属的血统一直是个有趣的话题。许多爱好者发现，当引入这个南美小个子家族的基因后，后代往往表现出明显的株幅缩减。于是坊间流传着一种说法——Sophronitis携带某种“侏儒基因”。但真相究竟如何？让...
-
温室文心兰掉蕾的真相：不只是通风那么简单
说起来，文心兰在温室里动不动就掉花苞，这事儿确实让不少养兰人头疼。我自己也经历过，好端端的花苞，眼看就要开了，结果一个个莫名其妙地萎蔫脱落，心疼得很。 先搞清楚：落蕾到底是怎么回事？ 文心兰（ Oncidium spp.）的花芽...
-
龟背竹烂根怎么抢救？一步步教你给烂根龟背竹"做手术"挽回生机
养过龟背竹的朋友可能都遇到过这种情况——原本精神抖擞的大叶子突然耷拉下来，土壤明明不缺水但叶片就是发黄萎蔫，翻开盆底一看，哎呀，根系怎么软塌塌还带着一股霉味？ 别慌， 烂根≠判死刑 。只要处理及时、方法得当，大多数龟背竹都能从鬼门关被...
-
租房党亲测有效：我是怎么做到只留刚好够穿的衣服的
说实话，搬过三次家之后我终于想通了——与其每次累死累活打包几十公斤的衣服，不如一开始就少买点。 先把"可能穿"的假象撕掉 大多数人的衣柜里堆着"以后瘦了能穿"、"等场合到了再穿&q...
-
不打孔不伤墙：这20件平价收纳神器，让出租屋瞬间变整洁
刚搬进出租屋时，看着空荡荡的墙面和无处堆放的杂物，很多人会陷入两难——想好好收拾一下，又怕退房时被扣押金。其实只要选对工具，完全可以在不钉一颗钉子、不钻一个孔的情况下，把小窝打理得井井有条。今天分享一套经过实践验证的 无痕收纳方案 ，从门...
