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如何用 ESM-2 进行抗体-抗原结合亲和力预测？从零样本表征到微调实操
在 AI 辅助抗体药物研发（AIDD）中，评估抗体与抗原之间的结合亲和力（Affinity）是核心环节。Meta 团队开源的 ESM-2 作为目前最强大的蛋白质语言模型之一，凭借其在海量无标注蛋白质序列上学习到的进化和物理化学规律，成...
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抗体非特异性结合（NSB）筛查：如何选择与应用开源抗体蛋白质语言模型（pLM）
在治疗性抗体开发中，非特异性结合（Non-Specific Binding, NSB）或多反应性（Polyreactivity）是导致候选药物在体内药代动力学（PK）性质差、清除率快以及毒性升高的主要原因之一。 利用蛋白质语言模型（p...
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如何在不牺牲抗体结合力的前提下，利用ProteinMPNN大幅提升热稳定性（Tm）？
在抗体工程中， 热稳定性（Tm值）与亲和力（结合力）的协同优化 是一个经典的“既要又要”难题。 ProteinMPNN 作为目前最优秀的逆折叠（Inverse Folding）模型之一，其本质是根据主链几何结构生成匹配的氨基酸序列。它...
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除了FoldX，如何用深度学习方法快速评估ProteinMPNN突变体的结合力？
在蛋白质从头设计（De Novo Protein Design）或亲和力成熟（Affinity Maturation）的工作流中， ProteinMPNN 已经成为序列设计的标配工具。然而，ProteinMPNN 产生的候选序列往往成百...
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批量用FoldX计算ProteinMPNN突变体结合自由能变化（ddG）的高效工作流
在蛋白质计算设计中， ProteinMPNN 凭借其强大的序列生成能力，能够快速给出成百上千个潜在的突变序列。然而，ProteinMPNN 无法直接给出物理意义上的结合自由能变化（$ Delta Delta G_{ text{bind}...
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AlphaFold 3 本地开源，会砸了冷冻电镜（Cryo-EM）服务商的饭碗吗？
AlphaFold 3（AF3）学术版的本地部署和开源，在结构生物学界和药物研发领域激起了不小的水花。对于那些手握数台 Titan Krios（冷冻透射电镜）、靠提供“制样-数据采集-结构解析”一条龙服务的传统 Cryo-EM 实验服务商...
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AlphaFold 3能否替代传统对接和物理计算？深剖小分子与金属配体预测表现
作为计算化学和药物研发领域近期的最大热点，AlphaFold 3（AF3）将预测范围从单纯的蛋白质拓展到了核酸、小分子配体、金属离子以及化学修饰。这一跨越在学术界和工业界都引起了巨大震动。 但在热闹的宣发背后，我们需要冷静地评估两个核...
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AlphaFold 3 对比 RoseTTAFold All-Atom：过渡金属配位的算法机制与预测精度差异
在结构生物学中，过渡金属（如铁 $Fe$、铜 $Cu$、锌 $Zn$、锰 $Mn$ 等）的配位几何预测一直是一个极具挑战性的课题。这些过渡金属拥有未充满的 d 轨道，其配位键介于共价键和静电作用之间，表现出高度的构型方向性（如八面体、四面...
34 结构生物学 -
除了转录因子，高通量筛选在非编码RNA与调控元件中还有哪些高价值应用？
在分子生物学和基因治疗领域，高通量筛选（High-Throughput Screening, HTS）早就不再局限于“转录因子（TF）-靶启动子”这种经典的蛋白质-DNA相互作用模式。 随着大规模并行报告基因分析（MPRA）、CRIS...
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基于介电泳‑电穿孔协同的植物叶肉原生质体高通量转染体系
引言：从叶肉到田间的加速器 在作物改良的赛道上，功能基因组学团队最头疼的不是找不到候选基因，而是 验证速度跟不上筛选速度 。传统PEG化学法转染原生质体，操作员得像绣花一样逐个处理，培养皿里一群脆弱的"裸核"随时可...
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温度胁迫下鹿角杯形珊瑚早期胚胎热休克蛋白表达的上游调控机制与表观遗传修饰研究
引言 全球气候变暖正以空前的速度影响着海洋生态系统，而造礁石珊瑚作为热带海域最具代表性的框架构建者，其生存状况直接关系到全球超过五亿人赖以为生的海洋资源。根据政府间气候变化专门委员会（IPCC）的预测，若全球平均温度上升2℃，将导致超...
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指尖上的精灵：那些适合小空间的细叶系卡特兰推荐
阳台养兰，空间寸土寸金。金孔雀确实是个经典选择，但如果你想丰富一下“藏品库”，这些同样走纤细路线的细叶型卡特同样值得入坑。 为什么细叶系特别适合微型阳台？ 首先澄清一个概念——所谓“细叶”并不单指叶子窄，而是整体株型的横向发展...
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温室文心兰掉蕾的真相：不只是通风那么简单
说起来，文心兰在温室里动不动就掉花苞，这事儿确实让不少养兰人头疼。我自己也经历过，好端端的花苞，眼看就要开了，结果一个个莫名其妙地萎蔫脱落，心疼得很。 先搞清楚：落蕾到底是怎么回事？ 文心兰（ Oncidium spp.）的花芽...
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同样是养护，为什么有的兰花年年开花，有的却总是装树？
基因差异——先天条件的影响 不同品种甚至同一品种的不同无性繁殖系，在 开花潜能 上本身就存在天然差别。主要体现在以下几个方面： 基因层面 具体表现 种/属特性 如 Phalaenopsis...
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兰苗遭遇肥害盐烧？这些信号在拉警报，急救要“对症下药”
前几天有个花友群里有人问，自家养的建兰小苗浇了自制有机肥后，第二天叶片就开始打卷发黄，问是不是肥放多了。这种情况其实很典型——不是肥料不够，而是 土壤里的盐分浓度已经超过了根系能承受的范围 ，产生了渗透胁迫。 一、盐分积累对兰苗意味着...
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茶梅为什么只长花苞不开花，甚至疯狂掉蕾？问题其实出在冬天的这几个细节
看着邻居家的茶梅开成红艳艳的一片，再看看自己家阳台上那盆——明明满头是包（花蕾），却干瘪不张嘴，甚至风一吹就噼里啪啦往下掉，最后只勉强开了两三朵。 很多人以为是夏天没养好，或者觉得是买到了“星期花”。其实，茶梅是典型的“冬花”。它在夏...
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南方庭院大型木本盆栽越冬指南：从修剪到保温，哪些细节决定了来年的开花质量？
每年深秋到初冬，院子里的茶梅、桂花、茶花、海棠这些大型木本盆栽就开始进入关键时期。很多花友发现，明明长势很好的盆栽，第二年却开花稀少甚至完全不开，其实问题往往出在越冬管理的细节上。今天这篇文章，就从修剪和保温这两个核心环节说起，把那些真正...
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大型观叶植物何时该换盆？教你一眼分辨"爆根"与正常旺长
养了大几年的龟背竹或琴叶榕，突然发现花盆底部冒出了白色细根——这是该换盆的信号，还是正常的生长表现？很多人在这里犯了难。换早了怕伤根，换晚了又怕闷出问题。今天把这件事说透。 一、先搞懂一个前提：大盆栽和小盆栽不一样 小型盆栽每...
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黑金刚怎么养出多头漂亮株型？春季摘心修剪加施肥，一年内单头变多头
先搞清楚一件事：黑金刚天生不爱分枝 黑金刚（学名 Dracaena fragrans ，市面常见品种如绿金、黑珍珠）属于龙血树属的木本观叶植物，原产热带非洲。它的生长习性很明确： 顶端优势极强 ，主茎顶芽会持续向上生长，消耗绝大部分养...
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橡皮树黑金刚爆头长成“小绿霸”的实操指南：爆侧芽修剪与催长施肥秘诀
不少人在家里养黑金刚（黑金刚橡皮树），本想养出一棵枝叶茂密、威武霸气的“室内小树”，结果却养成了“一根竹竿通天花板”。不仅光秃秃的不好看，生长速度还像按了暂停键。 黑金刚其实是非常皮实且长势强健的树种。要让它进入生长快车道，并主动分化...
